Grudzień 2001 roku zapisał się na kartach CS-owej historii, bo właśnie wtedy odbył się pierwszy major, CPL Winter. Lwia część puli nagród wynoszącej 150 000 dolarów powędrowała do ekipy Ninjas in Pyjamas, której częścią byli m.in. Potti i HeatoN. Rok później zorganizowano trzy nieoficjalne majory: CPL Summer, Winter i World Cyber Games w Korei. W 2003 pojawił się kolejny turniej z pulą nagród wynoszącą ponad 100 000 dolarów – ESWC.
2003 był szczególny z jeszcze jednego powodu. Właśnie wtedy Counter-Strike otrzymał bowiem bardzo ważną aktualizację oznaczoną legendarnym dziś numerem 1.6. W jej wyniku gra trafiła na Steama, który w tamtym czasie nie był jedynym priorytetowym projektem Valve. W 2004 premierę miał bowiem Half-Life 2 oparty na nowym silniku Source, a CS otrzymał nową odsłonę: Counter-Strike’a: Source.
Choć CS:S graficznie prezentował się dużo lepiej, większość czołowych graczy nie zdecydowało się na niego przejść. Uznali, że włożyli zbyt dużo czasu i pracy w osiągnięcie wysokiego poziomu w oryginalnej wersji. Jednocześnie twierdzili, że w wersji oznaczonej jako Source wymagany poziom był zdecydowanie niższy.
Pomimo premiery Source’a, gracze tacy jako Potti, f0rest, NEO czy GeT_RiGhT pozostali wierni wersji 1.6. Organizatorzy turniejów nie byli natomiast jednomyślni, w wyniku czego World Cyber Games w 2004 roku rozgrywane było na wersji Counter-Strike: Condition Zero. Pule nagród stale rosły, a ESWC 2006 zaoferowało zawodnikom rekordowe 160 000 dolarów.
Globalny kryzys w 2008 swoje piętno odcisnął również na esporcie i samym CS-ie. W 2007 roku zbankrutowała CPL, a w 2009 to samo stało się z ESWC. Niemniej prawdziwe szkody zostały wyrządzone w CS: Source.
Source przyciągnął kilku utalentowanych zawodników z 1.6, jak chociażby cogu i HeatoNa (w roli menadżera), a także pozwolił się wybić takim graczom jak RattlesnK, HenryG czy Fifflaren. Wydawało się, że esport ten dobrze się rozwija, o czym świadczyć miało uruchomienie Championship Gaming Series w 2007 roku. Franczyzowa liga przyćmiła wszystkie inne rozgrywki pod względem puli nagród, wszak zwycięzcy pierwszego CGS World Championship, ekipa Chicago Chimera, zgarnęli aż 250 000 dolarów. Była to suma zdecydowanie większa od całych pul nagród wielu turniejów.
Niemniej duża inwestycja ze strony DirectTV, BSkyB i StarTV sprawiła też, że zmienił się nieco tradycyjny format CS-a. Pojawiły się drafty graczy, modele w grze były edytowane, by miały kolorowe koszulki drużyn znane z tradycyjnych sportów, mecze rozgrywano w systemie best of one, a każdy z nich rozstrzygano na dystansie 18 rund. Pojedynki mogły się więc kończyć zarówno wynikiem 14:4, jak i 10:8.
